第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：罗根·勒曼 亚历山德拉·达达里奥 道格拉斯·史密斯 莱文·兰宾 布兰登·T·杰克逊 杰克·阿贝尔 安东尼·海德 斯坦利·图齐 帕洛玛·克维亚特科夫斯基 内森·菲利安 阿莉莎·牛顿 玛丽·伯德桑 伊薇特·尼科尔·布朗 米西·派勒 克里斯托弗·雷德曼 罗伯特·克耐普 罗伯特·梅耶 德里克·梅耶斯 阿莱克斯·潘诺维奇 格雷·达蒙 朗·普尔曼 索瑞·安达斯鲁 奥克塔维亚·斯宾瑟 克雷格·罗宾森 莫嘉娜·斯奈普 Colby Chartrand 阿汀·约翰 艾伦·托尼
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演员：杰登·马泰尔 瑞秋·齐格勒 朱利安·迪尼森 艾丽西亚·希尔维斯通 凯尔·穆尼 丹尼尔·祖尔格哈德利 拉克兰·沃森 弗里德·德斯特 爱德华多·弗兰科 梅森·古丁 乐洛伊小子 Lauren Balone 蒂姆·海德克 莫伦·塞巴斯蒂安 迈尔斯·罗宾斯 伊莎贝拉·里克 Jacob Moskovitz Daniel Dale Luca R Stagnitta Anzi DeBenedetto
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